Die Bundesversammlung ist das oberste Organ des Bundes Deutscher Amateurtheater. Sie definiert die Zielsetzungen des BDAT, beschließt Grundsatzprogramme für spezielle Arbeitsbereiche und regelt grundsätzliche organisatorische und repräsentative Angelegenheiten. Der Bundesversammlung gehören als Stimmberechtigte das Bundespräsidium und Vertreterinnen und Vertreter der Mitgliedsverbände an.
Das Bundespräsidium ist das maßgebliche Handlungs- und Vertretungsorgan des BDAT. Stimmberechtigte Mitglieder im Bundespräsidium sind das Geschäftsführende Präsidium und die Vorsitzenden der Gremien oder deren Stellvertreter.
Die Bundesarbeitskreise werden auf Beschluss der Bundesversammlung eingesetzt. Sie arbeiten als Gremien, die mit internen und externen Fachleuten themen- und zielgruppenspezifisch arbeiten und das Präsidium beraten.
Der BDAT unterhält zur Abwicklung seiner geschäftlichen und finanziellen Aufgaben eine hauptamtliche Geschäftsstelle.